目前中心下设：

1.  甲骨金文研究室（主要工作为甲骨文、金文的整理与研究）

2.  清华简研究室（主要工作为清华简及其他战国竹简的整理与研究）

3.  秦汉简研究室（主要工作为新出秦汉简牍的整理与研究）

4.  文物保护与技术实验室（主要工作为清华简日常保护与相关文保技术研究）

5.  《出土文献》编辑部（主要工作为《出土文献》杂志的编辑与出版）

6.  综合办公室（主要工作为维护中心日常运转、对接校内外行政工作）

7.  “古文字与中华文明传承发展工程”秘书处